Byens første befestning var et lite ”Defensions-Blokhus” med en skanse, bygget på Tangen i 1657. Som et minne om dette har to av gatene på Tangen i vår tid fått navnene Skansen og Blokkhusgaten. Deretter ble Christiansholm Festning bygget i årene 1666 -1672. Fra 1667 og fremover ble det anlagt et batteri på Nederbjærget på Odderøya, den nåværende Lasaretthøyden, med noen kanoner beskyttet av en skanse av jord, stein og tømmerstokker. Batteriet skulle støtte Christiansholm Festning med flankerende ild, og kunne dessuten beskyte deler av Vestre havn.

Etter hvert ble det bygd en solid steinmur rundt høyden. I et ovalt steintårn ble det bygget inn et kruttkammer, gjort ferdig i 1697. For øvrig var det kun en brønn og et vakthus med 2 brannkanoner innenfor området, så festningen manglet rom for besetning, proviant og nødvendig materiell. Noe ble senere bygget i tilknytning til anlegget, som på det meste hadde 15 kanoner. Dessverre var det for lett å angripe og ta fra landsiden, og det mistet etter hvert sin betydning som festningsanlegg. På slutten av 1700-tallet ble det derfor nedlagt, for i mellomtiden var det anlagt flere andre kanonbatterier omkring byen og havna i tillegg til Christiansholm, både på Odderøya, Dybingen, Lagmannsholmen og andre steder. I 1797 ble det bestemt at stedet skulle overføres fra Festningsverket til Karantenevesenet.

I flere tiår hadde da ”Hullet” på Odderøya, det som nå kalles Bendiksbukta (noen har begynt å kalle den Karantenebukta), blitt brukt en del som karantenehavn av seilskuter fra mange forskjellige land. Derfor ble det den 5. juli 1799 ved Kgl. Rescript i København gjort vedtak om bygging av et ”Quarantaine-Lazaræth” for mannskap på skip med pest ombord, og dette skulle bygges på Odderøya. Man leide inn en del svenske bygningsarbeidere for å sette opp bygningene, mye fordi det var så stor motstand mot prosjektet i Kristiansand at få arbeidere der ville påta seg jobben. Nordre halvdel av Krutthuset ble da sneiet av for å få plass til lasarettene på tomten, og steinen ble brukt i Karantene-muren som ble bygd ned mot ”Hullet”. Denne muren ”opførtes af Kampesten, 4 Alen høi, og 1½ Alen tyk for neden, samt 1 Alen for oven”.

De to første lasarettene brant ned til grunnen før jul i 1801 etter en relativt heftig kranselagsfeiring med sprengfyring på ildstedene, men ettersom Kongen hadde gitt ordre om at bygningene skulle settes opp, fikk man snart ryddet branntomten og begynt på nytt. Fra 1804 var pestsykehusene i drift, med plass til 120 pasienter i hver bygning. Det ble også satt opp en mindre tredje bygning, men den viste seg å være overflødig, så den ble solgt til Marinen i 1851, revet og oppført igjen på Kongens Verft ved elva.

Odderøya ble Nord-Europas største og mest anerkjente karantenestasjon. Dens offisielle navn var:

"Det Kgl. Quarantaine-Lasaræth for Kongerigerne Danmark-Norge samt Hertugdømmerne Slesvig-Holsten”.

En stor del av fortets murer står der fremdeles, dels som grunnmurer for lasarettbygningene, og dels som støttemurer for selve tomten (den nåværende parkeringsplassen) og saluttplassen.

På 1800-tallet var pestsykdommer fremdeles vanlig. Det var særlig kolera, tyfus og gul feber som var mest fryktet. Når seilskutene kom inn fjorden, måtte de heise det gule pestflagget hvis de hadde en slik sykdom. Fra 1805 ble det faktisk innført dødsstraff for skippere som unnlot å melde fra om pest om bord. Det var strenge prosedyrer for hvordan slike skuter skulle taes imot. En lege ble pålagt å undersøke skute og mannskap, og de nødvendige papirer ble utstedt. Skuta ble fortøyd til en moring i havnen utenfor ”Hullet” (Bendiksbukta), og måtte sende inn en båt til en brygge ved Christiansholm Festning for å vise sine papirer. Etterpå ble den plassert i ”Hullet”. De syke ble brakt opp i lasarettene, der de minst dårlige måtte sørge for matlagingen på åpne gruer inne i bygningene. På ytterveggen av hver bygning var det bygd to latriner i hver etasje for pasientene, med ”fritt fall” ned til kummer på utsiden av muren. Disse kan fremdeles sees på vestveggen på Vestre Lasarett.

Skuter som ikke hadde påvist sykdom, men som trengte et karanteneopphold på stasjonen for å få et praktica, et sertifikat på at de var å anse som pestfrie, heiste karanteneflagg ved ankomst. Først når de hadde fått det nødvendige praktica etter et opphold på stasjonen, fikk de adgang til de store havnebyene rundt om i Nord-Europa. Karanteneoppholdet kunne vare fra noen få dager og opp til 40 dager (ordet karantene kommer av fransk quarante som betyr førti).

På karantenestasjonen var det strengt vakthold av bevæpnede soldater. Ingen sjøfolk fikk gå i land i byen, men måtte holde seg i Hullet eller innenfor karantenemuren. Mat og andre nødvendige varer ble rodd ut med båt. Fra Gravane førte en steintrapp opp til den rødmalte Nordre port, der leger, sykepassere og funksjonærer kunne slippe inn til lasarettene. Ved siden av Kruttkjelleren lå Sortie-porten (avskjedsporten), også kalt ”Den Sorte Port”, som de døde ble båret ut gjennom og ned til ”Ligbryggen” i Bendiksbukta, etter å ha blitt stelt i det lille ”Lighuset” i enden av Østre Lasarett. Derfra ble noen ført i båt over til ”Dødbryggen” på vestsiden av Festningen, hvor de ble lagt på en vogn og kjørt gjennom gatene til Hospitalskirkegården (nedlagt i 1825) øverst i byen. De som påviselig døde av pestsykdom, ble begravet på Kolerakirkegården, en egen gravplass som var anlagt innerst i viken som senere er kalt ”Kjærregårdsbukta”, i sydenden av ”Hullet”. Ingen vet hvor mange som er begravet der, men den siste som ble gravlagt, var engelskmannen William Petrie som døde i 1892.

På Dødbryggen lå også ”Parloiret” (dvs. Samtalehuset"), en liten og luftig bygning med egen inngang til et rom på bysiden og en annen til et rom på sjøsiden. Mellom de to rommene var det en korridor som ingen måtte gå inn i, avstengt med et kraftig gitter på hver side. Fra det avstengte rommet på sjøsiden kunne skuteskipperne kommunisere med representanter for byens myndigheter som satt i rommet på den andre siden av korridoren. Skipspapirer måtte behandles i eddik og svovelrøk og overleveres med en lang jerntang. På den måten håpet man å hindre sykdommer i å spre seg.

Både på Blegerøya, Karanteneholmene og på land innenfor Bendiksbukta ble det oppført en del pakkhus der klær, last og emballasje ble behandlet mot pesten med forskjellige midler. Last og skuter ble gjerne desinfisert med røyk av svovel og salpeter, mens en del slags last ble vasket i sjøvann. Klær og emballasje ble ofte brent på en av holmene. Rotunden (Kruttårnet) ble omgjort til vaske- og røykerom der man behandlet de sykes klær, sengetøy og lasarettutstyr for øvrig.

På den tiden visste man ikke hva som var årsakene til pestsykdommer, hvordan de oppstod og hvordan de spredte seg, så man tok i bruk de virkemidler man antok kunne hjelpe. Karantenestasjonen på Odderøya hadde sin storhetstid fra etter napoleonskrigene og frem til ut i 1830-årene, og til tider kunne det ligge mange skuter samtidig i karantene i Hullet. Bare i løpet av juli måned 1833 tok stasjonen imot over 100 skuter til kortere eller lengere opphold, men da var også kapasiteten sprengt, så man måtte legge en del skip i Hanneviga. I løpet av det året tok stasjonen imot 349 skip, og man må huske på at det den gang nesten ikke var skipsfart fra oktober til mars, så det meste foregikk i løpet av et halvt års tid.

Fra 1833 ble den offisielle medisinske teorien om pestsykdommer at de ikke oppstod ved smitte, men av miasmer eller pestdunster, dvs. at det var spesielle forhold i jordmagnetisme, luft, fuktighet, vær og liknende som gjorde at pesten oppstod. Derfor var det liten hjelp i karanteneopphold, mente de sentrale helsemyndighetene i Christiania. Legene i Christianssand protesterte, for de mente at de kunne følge smitteveiene når pestsyke sjøfolk kom i land. Deres protester hjalp lite, for her som ellers var det makten som rådde, og det kostet staten mye penger å opprettholde en karantenestasjon. Dessuten la bruk av karantene mange restriksjoner på den frie, internasjonale handelsvirksomheten. Derfor ble det sterk nedgang i bruken av karantene i mange år, delvis med unntak av årene med epidemier. I perioder lå karantenestasjonen helt uvirksom, og etter hvert begynte den å forfalle.

Først på 1870- og 80-tallet ble mikroskopene så gode at medisinerne greide å identifisere bakteriene, og det ble klart at pest og flere andre store folkesykdommer virkelig var smittsomme. Fra 1881 kom karantenehavnen derfor en del i bruk igjen, inntil legevitenskapen etter hvert klarte å finne frem til stadig bedre vaksinasjoner og medisiner mot de farlige mikrobene. Smittefaren ble dessuten adskillig mindre ved at folk lærte seg bedre renslighet i dagliglivet, bl.a. å vaske hendene regelmessig.

I 1914 ble karantestasjonen på Odderøya til slutt nedlagt, etter å ha vært i mer eller mindre sammenhengende drift i 110 år.

Her ser du en tegning av vestsiden av Christiansholm Festning på tidlig 1800-tall, med Parloiret (samtalehuset) på bryggen nede til venstre. Parloiret ble benyttet i forbindelse med karantenestasjonen på Lasaretthøyden, men ble senere brukt som badehus for mannskapene i Garnisonen.